单细胞＆微量RNA检测用cDNA合成试剂盒 QuantAccuracy® , RT-RamDA® cDNA Synthesis Kit

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价格表

QuantAccuracyⓇ, RT-RamDAⓇ cDNA Synthesis Kit

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用途

可用于单细胞，微量RNA合成cDNA

说明

QuantAccuracy®,RT-RamDA®cDNA Synthesis Kit是RT-RamDA® cDNA Synthesis Kit [Code No.RMD-201]的升级版本，可用于从单细胞或微量 RNA中合成cDNA。使用本试剂盒制备的 cDNA 可作为Realtime PCR的模板，适用于高灵敏度的基因表达分析。


本试剂盒采用了Reverse Transcription with Random Displacement Amplification (RT-RamDA®) 方法（参见下方参考文献）。RT-RamDA® 法是一种利用逆转录酶链置换活性的新型cDNA 扩增方法，能从微量 RNA 中高灵敏度地检测到 poly(A) RNA和非 poly(A) RNA 来源的 cDNA。因此，RT-RamDA®法与传统方法相比，可以检测到更多的基因。
 

特征

●可使用单细胞和微量RNA

可以使用1～500细胞或者10pg～10ng total RNA制备cDNA。


●可检测到传统方法中难以检测的基因

通过本试剂盒，RNA可以被扩增数十倍，因此即便是传统方法中难以检测的基因，使用本试剂盒也可以轻松被检测到。

例如，以FFPE样本中的RNA为检测对象时，由于扩增后的结果偏差很小，因此可以顺利进行定量分析。


●扩增偏差小

由于cDNA在合成过程中会进行随机扩增反应，因此使用本试剂盒，无需像传统方法添加扩增用的接头或进行PCR反应，便可抑制因扩增引起的偏差。


●可减少珍贵RNA样本的添加量，节约样本

与传统方法相比，仅需微量RNA样本便可能获得足够量的cDNA，达到检测要求，从而节省珍贵样本。

 

原理

RamDA-seq®是日本理化学研究所生命机能科学研究中心生物信息学研究开发小组开发的【单细胞全长total RNA测序法】「Random Displacement Amplification Sequencing」的简称。

 

现有的单细胞RNA分析法只使用Oligo-dT primer进行逆转录反应，因此只能检测到poly(A)来源的RNA，无法对non-poly(A)的RNA进行检测，并且如果cDNA合成中途停止，要检测出全长cDNA就比较困难。然而，RamDA-seq®法由于使用random primer或NSR primer*，不仅能检测出poly(A) RNA来源cDNA，也可高灵敏度地检测出non-poly(A)来源的cDNA。并且，由于引物可结合在RNA任意位置，启动cDNA的合成，更容易得到RNA全长reads。

此外，RamDA-seq®法由于在合成过程中会进行随机扩增反应，因此使用本试剂盒，无需像传统方法中添加扩增用的接头或进行PCR反应，便可抑制因扩增引起的偏差。

 

* NSR primer是Not so random primer的简称，是指利用计算机算法剔除与18S, 28S RNA相关序列匹配的随机引物。通过NSR primer代替Random primer，可抑制rRNA来源的cDNA合成。

实验例

 

实验例1.IL8（CXCL8）基因的单细胞测序分析

实验例2.微量RNA制备cDNA

实验例3.检测基因数量对比

实验例4-1.FFPE由来RNA的扩增


 

参考文献

Hayashi, T. et al., Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs. Nature Communications. 9:619(2018)

https://doi.org/10.1038/s41467-018-02866-0

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