KOD FX
实验例8: 引物设计有限制时的扩增例


序列信息较少,只能在Open Reading Frame(ORF)的末端设计引物时,不一定能设计出最佳的引物。下面,以较难设计普通引物的目的片段为例,对MAPK1基因(参照下面)的ORF进行扩增,其他公司产品的PCR按各公司推荐的循环条件,比较结果。


●Target:

NM_002745 Homo sapiens mitogen-activated protein kinase 1 (MAPK1), transcript variant 1


●引物:
设计为从开始密码子(MAPK1_F下划线)到终止密码子(MAPK1_R下划线)扩增
MAPK1_F:ATGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGGCGCGGGC(30mer) 
MAPK1_R:TTAAGATCTGTATCCTGGCTGGAATCTAGC(30mer) 


【探讨】MAPK1_F引物的GC含量非常高,不能说是最佳引物,但使用KOD FX,只需一次便能确认到明亮的扩增。